拿捏了！LAMMPS实现复杂体系分子模拟建模（结合packmol、moltemplate）

之前我们已经把几乎所有的分子建模方式列举了一遍官方推荐！LAMMPS分子模拟Moltemplate建模方法超实用！分子模拟建模的N种方法,已收藏！，今天我们通过结合packmol和moltemplate来实现复杂体系分子建模，以水液滴蒸发模型为例。

01

准备输入文件

准备N2.pdb、TIP4P.pdb以及packmol输入文件model.inp

运行packmol < model.inp可生成model.pdb文件，该文件包含了水液滴蒸发模型中所有原子的坐标，但缺少键、键角等拓扑结构信息。

02

准备输入文件

准备N2.lt、TIP4P.lt以及moltemplate输入文件model.lt

*格式文件获取方式见文末

运行moltemplate -pdb model.pdb model.lt可生成model.data文件，该文件可在lammps中直接使用。

结合packmol和moltemplate来进行分子建模的原理为：通过packmol获取原子坐标（可以是pdb或xyz格式），通过moltemplate补全拓扑信息、力场信息等，并生成lammps的data格式文件。理论上通过这种建模方式可以建立任意结构的分子模型。

到此，分子模拟建模系列推文已经结束，敬请期待下期推文！

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